แมรี เดอ โบฮันเป็นธิดาคนที่สองของฮัมฟรีย์ เดอ โบฮัน เอิร์ลที่ 7 แห่งเฮริฟอร์ดกับโจน ฟิตซ์อลันผู้เป็นภรรยา ตระกูลเดอ โบฮัน เอิร์ลแห่งเฮริฟอร์ด มีรากเหง้าเดิมเป็นชาวนอร์มันจากเขตบูอัน (หรือโบฮัน) ในคาบสมุทรโกต็องแต็งที่ติดตามวิลเลียมผู้พิชิตมาอังกฤษ ว่ากันว่าต้นตระกูลเดอ โบฮันเป็นเครือญาติของวิลเลียมผู้พิชิต เอลิซาเบธแห่งริดแลนด์ ย่าของแมรีเป็นพระราชธิดาคนที่แปดและคนสุดท้ายของพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่ 1 แห่งอังกฤษ ส่วนเอเลนอร์แห่งแลงคัสเตอร์ ยายของแมรีเป็นบุตรสาวคนที่ห้าของเฮนรี ดยุคที่ 3 แห่งแลงคัสเตอร์ พระราชนัดดาของพระเจ้าเฮนรีที่ 3 แมรียังมีเชื้อสายของลาเวลินมหาราช เจ้าชายแห่งเวลส์ในทางฝั่งมารดา

แมรีน่าจะเกิดในราวปี ค.ศ. 1368 และอยู่ในการอนุบาลร่วมกับเอเลนอร์ผู้เป็นพี่สาวและเอลิซาเบธผู้เป็นน้องสาว ทว่าเอลิซาเบธ น้องสาวของแมรีถึงแก่กรรมตั้งแต่ยังเล็ก บิดามารดาของแมรีไม่มีบุตรและทายาทชาย เมื่อฮัมฟรีย์ บิดาของแมรีถึงแก่กรรมในเดือนมกราคม ค.ศ. 1373 ด้วยวัยเพียง 31 ปี ขณะนั้นแมรีมีอายุได้เพียง 3 ปี ด้วยไม่มีบุตรชายที่ดินมากมายทั่วประเทศที่เขาถือครองอยู่จึงควรตกเป็นของกิลเบิร์ต เดอ โบฮันผู้เป็นลูกพี่ลูกน้อง ทว่าพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่ 3 ได้ใช้อิทธิพลทำให้ทรัพย์สินที่ดินของเอิร์ลที่ 7 แห่งเฮริฟอร์ดตกเป็นของบุตรสาวทั้งสองคือเอเลนอร์และแมรี หลังสามีถึงแก่กรรม โจน มารดาของสองพี่น้องไม่ได้สมรสใหม่แต่ได้กลับไปบริหารจัดการที่ดินของเธอเองในเอสเซ็กซ์ ขณะที่เด็กหญิงทั้งสองน่าจะเติบโตในปราสาทเพลชีย์ในเอสเซ็กซ์ซึ่งเป็นทรัพย์สินที่ดินแห่งสำคัญของบิดา

แมรีกับเอเลนอร์อยู่ในฐานะผู้อยู่ในความอนุบาลของพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่ 3 กษัตริย์จึงมีสิทธิ์จัดแจงเรื่องการสมรสของทั้งคู่ พระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่ 3 โปรดให้พระราชโอรสคนรองๆ ของพระองค์สมรสกับทายาทหญิงของเหล่าขุนนางสำคัญ ไลโอเนลแห่งแอนท์เวิร์ปสมรสกับเอลิซาเบธ เดอ บะระและได้สืบทอดทรัพย์สินที่ดินอันกว้างใหญ่ไพศาลในไอร์แลนด์โดยสิทธิ์ของเธอ จอห์นแห่งกอนท์สมรสกับบลานช์แห่งแลงคัสเตอร์และได้ครองดัชชีแลงคัสเตอร์อันกว้างใหญ่ไพศาล ขณะที่เอ็ดมันด์สมรสทางการเมืองกับเจ้าหญิงสเปน จึงเหลือเพียงทอมัสแห่งวูดสต็อก พระราชโอรสเพียงคนเดียวที่ยังไม่มีพระชายา

ในปี ค.ศ. 1374 เอเลนอร์ พี่สาววัย 11 ปีของแมรีถูกจับสมรสกับทอมัสแห่งวูดสต็อก ทอมัสได้ยึดปราสาทเพลชีย์เป็นที่อยู่อาศัยหลัก ขณะที่โจน มารดาของแมรีกับเอเลนอร์ได้เลือกโรชฟอร์ดฮอลล์เป็นที่อยู่อาศัยหลักของเธอ แม้จะสมรสแล้วแต่เอเลนอร์น่าจะอาศัยอยู่กับมารดาและแมรีที่โรชฟอร์ดฮอลล์เนื่องจากเธอยังเด็กเกินกว่าจะอยู่กินกับสามี เด็กหญิงทั้งสองถูกเลี้ยงดูภายใต้การพิทักษ์ของทอมัส กระทั่งเมื่อเอเลนอร์มีอายุได้ 14 ปีเธอได้ย้ายไปอยู่กับสามีที่ปราสาทเพลชีย์ โดยแมรีน่าจะติดตามไปด้วย